腸扭轉或套疊造成腸管缺血、缺氧，在血循環改善后，由于毒素吸收出現高熱及腹瀉，有時需和假膜性腸炎鑒別。腸扭轉或腸套疊復位術后出現的腹瀉來自于腸道積存的內容物，腹瀉的次數和量少于假膜性腸炎而且不會越來越多，內容物中所含的有形成分也多于假膜性腸炎，盡管可以有短暫的全身中毒癥狀但總的趨勢呈逐漸緩解。大便不會出現典型的水樣，更不可能有假膜，細菌涂片或培養不以球菌為主，也無難辨性梭狀芽胞桿菌。
