腸瘺的常見原因有手術、創傷、腹腔感染、惡性腫瘤、放射線損傷、化療以及腸道炎癥與感染性疾病等方面。臨床上腸外瘺主要發生在腹部手術后，是術后發生的一種嚴重并發癥，主要的病因是術后腹腔感染、吻合口裂開、腸管血運不良造成吻合口瘺。小腸炎癥、結核、腸道憩室炎、惡性腫瘤以及外傷感染、腹腔炎癥、膿腫也可直接穿破腸壁而引起腸瘺。有些為炎性腸病本身的并發癥，如克羅恩病引起的內瘺或外瘺。根據臨床資料分析，腸瘺中以繼發于腹腔膿腫、感染和手術后腸瘺最為多見，腸內瘺常見于惡性腫瘤。放射治療和化療也可導致腸瘺，比較少見。
