在抗結核藥出現之前腸結核預后差,死亡率高。抗結核藥在臨床廣泛應用以后,使腸結核的預后大為改觀,特別是對黏膜結核,包括腸結核在內的療效尤為顯著。本病的預后取決于早期診斷及時治療,當病變尚在滲出階段,經治療后可完全痊愈,預后良好。合理選用抗結核藥物,保證充分劑量與足夠療程,是決定預后的關鍵。