肺毛霉病的癥狀五特異性,一般急性或亞急性起病,病情通常比較嚴重,臨床表現有咳嗽、咳痰、呼吸困難和發熱（多為持續性高熱）,有時體溫可以驟然上升。慢性起病者（癥狀出現超過30d）較少見。幾乎所有患者病變部位的血管均有血栓形成和梗死,所以常有咯血和比較劇烈的胸痛。肺部體征并不明顯。有基礎病變者占70%,病死率為63%。糖尿病患者很少患肺毛霉病,但是一旦患病則預后較差。另外,爆發起病的肺毛霉病患者容易經血液循環播散,常見的部位有中樞神經系統、胃腸道、脾、腎、心臟和肝,且幾乎都是致死性的,患者一般在2周內死亡。
胸部影像學檢查可顯示單發或多發性浸潤影或結節影,有時呈楔形改變,好發部位多為上葉,可雙肺同時受累,下葉較少見。部分患者呈間質性肺炎或腫塊樣改變,單發或多發,也可出現暈輪征、新月征和空洞,注射造影劑后邊緣增強,偶見胸腔積液。如果肺部病變范圍較大可以出現低氧血癥。