肺部奴卡菌病應注意與各型肺結核、肺部真菌病、細菌性膿腫及腫瘤相鑒別。皮膚奴卡菌病需要與孢子絲菌病、皮膚結核和放線菌性足菌腫相鑒別。腦奴卡菌病應與腦部腫瘤、細菌性腦膿腫等腦占位性病變相鑒別。播散性奴卡菌病的鑒別診斷較復雜,關鍵在于警惕該病。