1.血清腫瘤標記物
胰腺囊腺瘤患者血清CEA、CA19-9基本正常。
2.囊液分析
術前或術中抽吸囊液做酶學、癌標和細胞學檢查有鑒別診斷價值。獲取囊液的途徑有B超引導下經皮細針穿刺、術中穿刺抽吸、內鏡超聲引導下穿刺抽吸、ERCP時經十二指腸穿刺抽吸和腹腔鏡檢查并穿刺抽吸囊內液。
（1）細胞學檢查 該方法對診斷黏液性腫瘤價值較大，若囊液涂片觀察到含有糖原的黏液或黏液細胞，即診斷黏液性囊性腫瘤。
（2）淀粉酶 假性囊腫淀粉酶均升高，囊性腫瘤一般不與主胰管相通，囊液淀粉酶不升高，有一定鑒別意義。但是，當腫瘤的囊腔與胰管相通時，囊液淀粉酶可升高，只有當淀粉酶很低時才可能提示囊性腫瘤。故根據囊液淀粉酶鑒別假性囊腫與囊性腫瘤并不十分可靠。
（3）糖類抗原 囊液中的腫瘤標記物不同于血清中的腫瘤標記，其特點是特異性明顯增高。CA15-3、CA72-4鑒別黏液性囊腺癌的價值優于CEA，CA15-3>70U/L，診斷囊腺癌的特異性可達100%，CA72-4>70U/L，囊腺癌即能與囊腺瘤和假性囊腫相鑒別，CA72-4>150U/L時，診斷囊腺癌的特異性和敏感性可達100%。
（4）相對黏稠度（RV） 據報道，當RV>1.63時，診斷黏液性囊腫的敏感性為89%，特異性為100%；如果RV<1.63 強烈提示非黏液性囊腫。此法最大優點是測定迅速，適合術中使用。
3.腹平片
腹平片掃描常發現腫瘤壁有鈣化，漿液性囊腺瘤較黏液性囊腺瘤的鈣化率高。漿液性囊腺瘤常表現為位于中心的、線狀或弓狀的鈣化，其中10%位于中央星狀瘢痕中的鈣化常呈現出日光放射狀圖案，一旦出現這種特征性表現，基本可以確診。黏液性囊腺瘤多表現為周邊鈣化。
4.B超
對于顯示腫瘤內部結構、分隔情況及贅生物時優于CT。
5.CT
在顯示胰腺囊腫的鈣化、位置、囊壁厚度及血液循環方面優于超聲。
6.MRI
黏液性囊腺瘤或囊腺癌表現為圓形或不規則的橢圓形腫物，可見其內部分隔，且清晰度高于CT。
7.血管造影
漿液性囊腺瘤有豐富的血管網，因此，造影片上可表現為由腹腔或腸系膜血管供給的粗大的滋養血管、引流靜脈、均質的腫瘤染色及偶見的動靜脈分流。