膠原能被特定的蛋白酶降解，即生物降解性。因膠原具有緊密牢固的螺旋結構，所以絕大多數蛋白酶只能切斷其側鏈，只有膠原酶、彈性蛋白酶等特定的蛋白酶在特定的條件下才能降解膠原蛋白，斷裂膠原肽鍵。膠原的肽鍵一旦斷裂，其螺旋結構隨即被破壞而徹底水解為小分子多肽或氨基酸，小分子物質可以進入血液循環系統，被機體重新利用或代謝排出。可生物降解性是膠原蛋白能作器官移植材料被利用的基礎。
