（一）其他化膿性腦脊膜炎， 肺炎球菌腦膜炎、流感桿菌腦膜炎、葡萄球菌腦膜炎等大多體內有感染灶存在。如肺炎球菌腦膜炎大多發生在肺炎、中耳炎的基礎上；葡萄球菌腦膜炎大多發生在葡萄球菌敗血癥病程中。確切的診斷需依腦脊液、血液細菌學和免疫學檢查。
（二）虛性腦脊膜炎，某些急性感染病人有嚴重毒血癥時可出現腦膜刺激征，但除腦脊液壓力略高外，余均正常。
（三）結核性腦脊膜炎， 多有結核史。起病緩慢，伴有低熱、盜汗、消瘦等癥狀，無瘀點和皰疹。腦脊液的細胞數為數十至數百個左右，以淋巴細胞為主。腦脊液在試管內放置12～24時有薄膜形成，薄膜和腦脊液沉淀涂片抗酸染色可檢出結核桿菌。
（四）流行性乙型腦炎， 發病多在7～9月份，有蚊叮咬史，起病后腦實質損害嚴重，驚厥、昏迷較多見，皮膚一般無瘀點。腦脊液早期清亮，晚期微渾，細胞數多在0.1～0.5×109/L，很少超過1×109/L、蛋白質稍增加，糖正常或略高，氧化物正常。確診有賴雙份血清補體結合試驗、血凝抑制試驗等及腦組織分離病毒。