(一)其他化膿性腦膜炎肺炎球菌腦膜炎、流感桿菌腦膜炎、葡萄球菌腦膜炎等大多體內有感染灶存在。如肺炎球菌腦膜炎大多發生在肺炎、中耳炎的基礎上；葡萄球菌腦膜炎大多發生在葡萄球菌敗血癥病程中。確切的診斷需依腦脊液、血液細菌學和免疫學檢查。
(二)虛性腦膜炎某些急性感染病人有嚴重毒血癥時可出現腦膜刺激征，但除腦脊液壓力略高外，余均正常。
(三)結核性腦膜炎多有結核史。起病緩慢，伴有低熱、盜汗、消瘦等癥狀，無瘀點和皰疹。腦脊液的細胞數為數十至數百個左右，以淋巴細胞為主。腦脊液在試管內放置12～24時有薄膜形成，薄膜和腦脊液沉淀涂片抗酸染色可檢出結核桿菌。
(四)流行性乙型腦炎發病多在7～9月份，有蚊叮咬史，起病后腦實質損害嚴重，驚厥、昏迷較多見，皮膚一般無瘀點。腦脊液早期清亮，晚期微渾，細胞數多在0.1～0.5109/L，很少超過1109/L、蛋白質稍增加，糖正常或略高，氧化物正常。確診有賴雙份血清補體結合試驗、血凝抑制試驗等及腦組織分離病毒。
潛伏期1～7日，一般2～3日。
其病情復雜多變，輕重不一，一般可表現為三個臨床類型即普通型，暴發型，和慢性敗血癥型。
(一)普通型約占90%左右。病程可分為上呼吸道感染期、敗血癥期和腦膜炎期，但由于起病急、進展快、臨床常難以劃分。
1.上呼吸道感染期大多數病人并不產生任何癥狀。部分病人有咽喉疼痛，鼻咽粘膜充血及分泌物增多。鼻咽拭子培養常可發現病原菌，但很難確診。
2.敗血癥期病人常無前驅癥狀，突起畏寒、高熱、頭痛、嘔吐、全身乏力。肌肉酸痛，食欲不振及神志淡漠等毒血癥癥狀。幼兒則有哭啼吵鬧、煩躁不安、皮膚感覺過敏及驚厥等。少數病人有關節痛或關節炎、脾腫大常見。70%左右的病人皮膚粘膜可見瘀點或瘀斑。病情嚴重者瘀點、瘀斑可迅速擴大，且因血栓形成發生大片壞死。約10%的患者常在病初幾日在唇周及其他部位出現單純皰疹。
3.腦膜炎期大多數敗血癥患者于24小時左右出現腦膜刺激征，此期持續高熱，頭痛劇烈、嘔吐頻繁，皮膚感覺過敏、怕光、狂躁及驚厥、昏迷。血壓可增高而脈搏減慢。腦膜的炎癥刺激，表現為頸后疼痛，頸項強直，角弓反張，克氏征及布氏征陽性。
嬰兒發作多不典型，除高熱、拒乳、煩躁及哭啼不安外，驚厥、腹瀉及咳嗽較成人多見，腦膜刺激征可缺如。前囪突出，有助于診斷。但有時因嘔吐頻繁、失水僅見前囪下陷，造成診斷困難。
(二)暴發型少數病人起病急驟，病情兇險如不及時搶救，常于24小時內甚至6小時之內危及生命，此型病死率達50%，嬰幼兒可達80%。
1.暴發型敗血癥(休克型)本型多見于兒童。突起高熱、頭痛、嘔吐，精神極度萎靡。常在短期內全身出現廣泛瘀點、瘀斑，且迅速融合成大片，皮下出血，或繼以大片壞死。面色蒼灰，唇周及指端紫紺，四肢厥冷，皮膚呈花紋，脈搏細速，血壓下降，甚至不可測出。腦膜刺激征缺如。腦脊液大多清亮，細胞數正常或輕度增加，血培養常為陽性。
2.暴發型腦膜腦炎亦多見于兒童。除具有嚴重的中毒癥狀外，患者頻繁驚厥迅速陷入昏迷。有陽性錐體束征及兩側反射不等。血壓持續升高，部分病人出現腦疝。枕骨大孔疝時，小腦扁桃體疝入枕骨大孔內，壓迫延髓，此時病人昏迷加深，瞳孔明顯縮小或散大，或忽大忽小，瞳孔邊緣也不整齊，光反應遲鈍。雙側肌張力增高或強直，上肢多內旋，下肢呈伸展性強直。呼吸不規則，或快慢深淺不勻，或暫停，成為抽泣樣，或點頭樣呼吸，或為潮式呼吸，此類呼吸常提示呼吸有突然停止的可能。天幕裂孔疝壓迫間腦及動眼神經，除有上述顱內壓增高癥外，常有同側瞳孔因動眼神經受壓而擴大，光反應消失，眼球固定或外展，對側肢體輕癱，進而出現呼吸衰竭。
3.混合型是本病最嚴重的一型，病死率常高達80%，兼有二種暴發型的臨床表現，常同時或先后出現。
(三)慢性敗血癥本型不多見。多發生于成人，病程遷延數周或數月。反復出現寒顫、高熱、皮膚瘀點、瘀斑。關節疼痛亦多見，發熱時關節疼痛加重呈游走性。也可發生腦膜炎、全心炎或腎炎。