病原菌為腦膜炎雙球菌,屬奈瑟氏菌屬,為厭氧性Gram陰性腎形雙球菌。本癥經飛沫傳染。腦膜炎雙球菌自上呼吸道侵入人體后,其發展過程取決于機體和病原體之間相互斗爭的結果。它首先侵入鼻咽腔,形成帶菌狀態或產生上呼吸道感染癥狀。當人體抵抗力弱或細菌毒力強時,病原體就從鼻咽部粘膜侵入血液,隨血行播散而產生腦膜炎,少數病人(約1%)發生急性腦膜炎球菌菌血癥。