BNP廣泛分布于腦、脊髓、心肺等組織，其中以心臟含量最高。腦內以延髓含量最高，中樞神經系統的BNP含量高于ANP，腦與脊髓內BNP含量約較ANP含量高13倍。心臟內BNP主要存在于左、右心房，其中右心房含量為左心房3倍多，心室的BNP含量約不足心房的1/20，心室BNP含量少是因為BNP前體并不儲存在心室中，只有當室壁張力升高時才迅速刺激BNP基因高表達，大量合成BNP分泌入血，換句話說，BNP在心室肌內儲存極少。在房間隔、房室瓣、主動脈、肝動脈與肺靜脈壁內亦含有少量BNP。
利鈉肽系統共有A、B、C三型受體，均為跨膜受體，BNP的清除主要通過兩條途徑：
第一：通過C受體介導將BNP內吞入胞內，再由溶酶體酶降解；
第二：由中性肽鏈內切酶對BNP降解，此酶在肺臟及腎臟中濃度較高。ANP較BNP對中性肽鏈內切酶的親和力要大的多，但第二種途徑仍為BNP代謝的主要途徑，再由于C受體對ANP的親和力亦高于BNP，這樣造成BNP的生物半衰期（20分鐘）長于ANP（約3分鐘）。