脫落酸的合成部位主要是根冠和萎蔫的葉片，莖、種子、花和果等器官也有合成脫落酸的能力。例如，在菠菜葉肉細胞的細胞質中能合成脫落酸，然后將其運送到細胞各處。脫落酸是弱酸，而葉綠體的基質呈高pH，所以脫落酸以離子化狀態大量積累在葉綠體中。
1、ABA的鈍化
ABA可與細胞內的單糖或氨基酸以共價鍵結合而失去活性。結合態的ABA可水解重新釋放出ABA。因而結合態ABA是ABA的貯藏形式。但干旱所造成的ABA迅速增加并不是來自于結合態ABA的水解，而是重新合成的。
2、ABA的氧化
ABA的氧化產物是紅花菜豆酸（phaseic acid)和二氫紅花菜豆酸（dihydrophasei acid)。紅花菜豆酸的活性極低，而二氫紅花菜豆酸無生理活性。