高血壓
高血壓是本病最主要的直接病因，尤其是慢性高血壓超過21.3/12.7kPa（160/95mmHg）時。高血壓在腔隙性腦梗死病人中的發生率為45%～90%。且舒張壓升高對本病的影響作用更明顯。高血壓導致腔隙性腦梗死有2種可能機制：①持續性的高血壓作用于腦的深穿通動脈或其他微小動脈壁，使血管滲透性增高，凝血功能亢進而抗凝功能減弱，導致微血管壁節段性脂肪透明變性、纖維蛋白壞死及微動脈瘤等改變，致使小動脈阻塞、微栓塞形成。②持續性高血壓使腦的基底動脈拉長，深穿通動脈移位，血管扭曲，側行血流進一步減少而發生缺血性微梗死。
動脈硬化
腔隙性腦梗死與動脈硬化緊密關聯。Fisher用連續切片方法觀測證實基底節、內囊區腔隙病灶的供血動脈有嚴重的腦動脈硬化改變，即節段性的動脈結構破壞、纖維素樣壞死或血管壞死。其他學者也發現髓質動脈中明顯的改變是管壁的透明樣增厚，并血管管腔的狹窄，各腦區腔隙性梗死的頻度與動脈硬化的程度成正比。
糖尿病
眾所周知，糖尿病可導致遠端肢體、腎臟、視網膜、周圍神經和腦神經的小動脈梗死性病變，但糖尿病對腦的小血管病變的作用尚未明確定位。流行病學的調查結果表明，糖尿病是卒中的危險因素之一，但尚缺乏糖尿病和腔隙性腦梗死有聯系的證據。Mast等的研究也僅確認糖尿病與多發性的腔隙性腦梗死有關，而與單發的無關。不過糖尿病時血的凝固性和黏度的增高、血小板黏附性的增強，無疑可加重腦的深穿通支動脈的血流供應對腔隙性腦梗死的形成起了重要的作用。
栓子
⑴心源性栓子：風濕性心臟病或非風濕性心臟病的附壁栓子脫落。
⑵動脈源性栓子：包括有或無潰瘍的動脈粥樣硬化、纖維肌肉性血管病、夾層動脈瘤的血栓脫落。尤其是升主動脈、頸動脈中粥樣硬化斑脫落形成的栓子，是引起腔隙性腦梗死的重要原因之一，已引起越來越多的關注。
⒌其他因素高脂血癥、高黏血癥、吸煙、飲酒和腦局部血流改變等因素對腔隙性腦梗死的發生也有一定影響。