一般腮腺炎疫苗的不良反應輕微，而且少見。除接種部位輕度腫、痛外，最常見的反應為腮腺炎和低熱。偶見睪丸炎和感音神經性耳聾。極少出現中度發熱，曾報道過無菌性腦膜炎，但報道發病率差異很大（例如從1/400至1/50萬）。疫苗相關無菌性腦膜炎發病率的差異不僅反映了疫苗毒株和配方的不同，也與研究設計、診斷標準和臨床實踐的不同有關。被動監測時，難以發現遲發性無菌性腦膜炎。無菌性腦膜炎一般在接種后2-3周發生，間隔的中位數時間為23天（范圍為18-34天）。部分腦膜炎患者可見腦脊液白細胞增高，但沒有明顯臨床癥狀。