鼠疫的致病菌為鼠疫菌，其分類學位置為細菌域、變形菌門、γ-變形菌綱、腸桿菌目、腸桿菌科、耶爾森菌屬、鼠疫耶爾森菌。鼠疫菌在光學顯微鏡下為革蘭染色陰性、兩端鈍圓、兩極濃染的短小桿菌，菌體長約1-2μm，寬0.5-0.7μm，有莢膜，無鞭毛，無芽孢；基因組由一條環狀染色體（約4.6Mb）和3個質粒（pPCP1、pCD1、pMT1）組成，含有4000多個編碼序列和大量的插入序列，具有高度的流動性。鼠疫菌最適生長溫度為28-30℃，最適pH值為6.9-7.1，對高溫和常用化學消毒劑敏感。
