1、優點
在輔助腺病毒存在下，AAV可以高效定點整合至人染色體中；而現在的AAV載體已經不需要腺病毒輔助，不插入宿主的基因組，而是游離于宿主細胞基因之外，呈衛星狀穩定表達。
腺相關病毒載體（AAV）體內的感染效率極高。不同血清型可以相對特異性的感染心臟，肝臟，骨骼肌等。
腺相關病毒是RG1（最安全級別）的基因治療載體，完全無具有潛在致病性。而腺病毒是RG1，慢病毒是RG2，逆轉錄病毒是RG3 [1] 。
2、缺點
AAV載體容量小，目前最多只能容納4.7 kb外源DNA片段；
野生型的AAV在40%-80%的成人中存在過感染，在腺病毒存在的情況下可能會引起免疫排斥。