膀胱輸尿管回流現象的治療應根據不同的檢查結果、不同的病因和級別而采取不同的治療方法。在治療前需注意以下情況：
1.反流有自行消失的希望，這與患者年齡和反流程度有關，Duckett（1983）報道若能控制感染，Ⅱ度63%、Ⅲ度53%、Ⅳ度33%的反流可自消，隨年齡增長，很多Ⅰ～Ⅲ度反流可自愈，Ⅴ度難自愈。
2.長期抗感染治療對小兒是安全、可耐受的。
3.并發膀胱憩室、無抑制性膀胱等并不能阻止反流自消。
4.如輸尿管直徑及膀胱正常，則輸尿管膀胱再植術的成功率可達95%～98%。
5.反流持續到青年、成年則不易自消。成年男性有反流不一定有病態，但女性尤其妊娠時會出現問題。
6.無感染的反流似乎不引起腎損害。
7.非手術治療 輕度反流（Ⅰ度、Ⅱ度、Ⅲ度）適用非手術療法，目的是用藥物控制尿路感染，防止腎盂腎炎對腎臟的損害。選用適當抗生素并配合按時排尿法和連續排尿法以減少膀胱內剩余尿。定期復查尿常規、尿培養和排尿期膀胱尿道造影，觀察療效。
8.手術治療 嚴重反流（Ⅳ度、Ⅴ度）、反流進行性加重或持續至成年、藥物不能控制腎盂腎炎反復加重者均需手術治療。手術的目的主要是延長膀胱黏膜下輸尿管的長度，最好使黏膜下隧道的長度5倍于輸尿管直徑。對明顯擴張之輸尿管需截剪后再行輸尿管膀胱再植。
9.腔內泌尿外科手術 通過膀胱鏡將硬化劑注射到輸尿管口黏膜下，改變輸尿管口的形態并縮緊輸尿管口，使之達到抗反流目的。常用的硬化劑有：聚四氟乙烯（Teflon）、膠原蛋白等。