SBP的預后極差，易導致感染性休克、肝腎綜合征、上消化道出血及肝功能衰竭等致死性并發癥，且復發率高達每年約70%，因此預防顯得十分重要。預防的主要措施為選擇性腸道去污染(Selective intestinal decontamination，SID)，即用抗生素清除需氧菌群。2004年美國肝病學會學會肝硬化腹水治療治療的推薦意見中認為有腹水、腹水總蛋白較低者、消化道出血的肝硬化患者以及曾患過SBP但已經恢復者是SBP的高危人群，可以長期預防性地口服抗生素(諾氟沙星或復方新諾明或新霉素)作一級預防。但預防性地給予抗生素不符合抗生素的用藥原則，且容易出現耐藥，如果一旦出現細菌耐藥，預后很差。