舌咽神經痛的治療效果確切，預后較好。如為腫瘤繼發的舌咽神經痛，在行腫瘤切除術后疼痛即能解除。如為原發性舌咽神經痛，其治療方法較多。
1、綜合治療：在舌咽神經痛的早期可以應用卡馬西平和苯妥英鈉等藥物治療， 病人的疼痛可以緩解。咽部丁卡因噴霧或舌咽神經封閉也可取得一定療效，但持續時間較短。
2、經皮穿刺舌咽和迷走神經根射頻毀損術：此法是控制顏面部與鼻咽癌浸潤性疼痛的較簡便方法，但易發生吞咽困難和聲帶麻痹，不適于原發性舌咽神經痛。用Hartel法穿刺卵圓孔時，只要將穿刺方向略偏向水平位，便能達到頸靜脈孔。手術時用X線攝片或電視監測。進針點在口角外側2.5cm，針頭指向瞳孔，與矢狀面成12°角。在側方觀察時針與眶底緣外耳道聯線成40°角，指向后上方。電極針跨過頸內動脈的內側到達頸靜脈孔。用電刺激確定與神經根的關系，然后接上射頻儀用射頻毀損神經。溫度控制在65～75℃，可重復進行，直至效果滿意。
3、舌咽神經切斷術：分顱外舌咽神經切斷術和顱內舌咽神經根切斷術。顱外舌咽神經切斷術于1920年由Sicard等首先試用于舌咽神經痛。在耳后到頸部作一斜形縱切口，從莖突舌骨肌下找出舌咽神經，分離到近顱底處切斷神經。Adson和Dandy分別在1924年和1927年介紹經顱內切斷舌咽神經而獲得永久性治療效果。經單側枕下入路，在頸靜脈孔處分出舌咽神經、迷走神經和副神經。舌咽神經位于最前方，單根較粗，與迷走神經之間有明顯的狹窄間隙。刺激舌咽神經時可引起疼痛，用神經勾提起并切斷，切斷后疼痛即刻解除。為避免疼痛復發，或對伴有耳痛患者，應同時切斷迷走神經前方的1～2條根絲。
4、舌咽神經微血管減壓術：該手術方法是三叉神經微血管減壓術理論的延伸。方法與經顱舌咽神經切斷術相似。術中如發現椎動脈或小腦后下動脈及其分支壓迫舌咽神經和迷走神經根絲時，將血管用滌綸片與神經分開。此手術最大的優點是避免切斷舌咽神經后的同側舌后1/3味覺減退及其神經分布區的麻木，如手術中未見血管壓迫則應切斷神經。
5、延髓切束術：近來的解剖和臨床證明，第Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ對腦神經的感覺束上行傳導途徑是在延髓平面的三叉神經脊髓束和楔狀束之間的狹窄區內。切斷此束可以治愈舌咽神經痛，尤其適于雙側舌咽神經痛。術后疼痛能夠消失，而且咽部肌肉運動不受影響。手術方法與延髓三叉神經脊髓束切斷相似，切開深度為3mm，長度為2mm。