小腸疾病傳統的影像學檢查方法是小腸鋇灌造影，應用CT和MRI診斷小腸克羅恩病應用日益增多。
小腸鋇灌造影 小腸克羅恩病的早期表現為小腸黏膜皺襞增粗。隨著病變發展，小腸黏膜皺襞的縱行裂隙狀潰瘍形成，腸腔內出現小息肉樣或卵石樣充盈缺損。病變后期，腸腔不規則狹窄，可出現瘺管、膿腫以及腸梗阻等并發癥。
小腸CT檢查 CT檢查難以顯示克羅恩病的早期小腸黏膜改變。但在多病灶嚴重病例，可見腸壁增厚呈節段性、跳躍式分布，腸腔狹窄變形甚至消失。增強CT掃描時，黏膜內環和漿膜外環明顯強化，呈“靶征”或“雙暈征”，腸壁或腸周血管聚集擴張，呈“木梳征”。
小腸MRI檢查 小腸克羅恩病的MRI表現主要包括腸壁增厚、異常強化和腸周改變。增厚的腸壁表現為“靶征”，增厚的腸壁內多發等信號小結節為“肉芽腫征”。克羅恩病的特征性透壁異常可在true-FISP序列上清晰顯示。因此，MRI對評估活動性克羅恩病具有很大價值。
綜合小腸鋇灌造影、CT和MRI等檢查方法獲得的影像學信息，小腸克羅恩病可分為急性炎癥型、纖維狹窄型、瘺管穿孔型和修復再生型4種亞型。小腸克羅恩病影像學分型，可幫助臨床制定合適的治療計劃。