根據臨床表現制定治療方案
臨床醫生應該根據CD的嚴重程度、病變部位、腸外表現及并發癥，制定治療方案。糖皮質激素布地奈德治療輕至中度回結腸型CD有較好療效，輕度結腸型或回結腸型CD可考慮5-氨基水楊酸（5-ASA），中至重度CD的治療一般首選糖皮質激素。
臨床醫生還應該根據治療反應和患者對藥物的耐受調整治療方案。激素治療無效或激素依賴者需加用免疫抑制劑如硫唑嘌呤，如仍然無效，則需要進行手術評估或試用英夫利昔單抗。
如何應用糖皮質激素及免疫抑制劑
盡管糖皮質激素對活動性CD有明確療效，但是約有1/3~2/3患者治療無效或發生激素依賴。長期使用激素不但不能改變患者的自然病程，還會發生很多不良反應。
對激素無效或激素依賴的CD患者，可加用硫唑嘌呤或6-巰基嘌呤（6-MP），若仍無效或不耐受可改用甲氨蝶呤（MTX）。經加用免疫抑制劑治療后，部分患者可減少激素用量乃至停用激素。但是臨床醫生應注意，免疫抑制劑起效慢，需要3個月或更長時間才能判斷療效，而且有發生如骨髓抑制等不良反應的危險，對有必要使用者可在嚴密監測下使用。
氨基水楊酸制劑療效有限
既往認為氨基水楊酸制劑對活動性回腸型、回結腸型及結腸型CD有效，但是，近年的薈萃分析顯示，氨基水楊酸制劑僅適用于輕-中度結腸型CD和輕度回結腸型CD，而且應用時劑量要足。
英夫利昔單抗的療效
近年的臨床試驗肯定了英夫利昔單抗對CD的療效，其優勢主要是治療頑固性CD（激素聯合免疫抑制劑治療無效或仍然有激素依賴）可能有效，且可以使腸道病變明顯減輕或愈合。
強調緩解期的維持治療
CD復發率高，特別是由激素誘導的緩解非常容易復發。使用糖皮質激素誘導緩解時，即應加用硫唑嘌呤或6-MP，并在取得緩解后繼續應用以維持緩解，這是CD緩解期維持治療的關鍵。
選擇合適的手術時機
臨床工作中，CD患者仍主要接受內科治療，但是部分患者在疾病過程中藥物治療會失去作用，因此在進行內科治療過程中要隨時評估手術的價值和風險，使患者能在最合適的時間接受最有效的手術治療。