本癥為常染色體隱性遺傳。基因位于染色體19q13.1，該基因命名為NPHSI，含29個外顯子，該基因編碼蛋白nephrin，后者是1241個氨基酸組成的跨膜蛋白，定位于腎小球裂孔隔膜，對維持裂孔隔膜結構的完整性起關鍵作用，是腎小球毛細血管襻濾過屏障的主要部分。1998年Tryggvason等的研究證實CNF患者NPHSI基因有突變。包括缺失、插入、無義、錯義和剪接位點突變。在芬蘭典型的突變類型有：2號外顯子2個堿基缺失（Finmajor）或26號外顯子的突變（Finmajor）前者因讀框移位，終止子提前出現，產生僅有90個氨基酸的截斷蛋白，nephrin完全缺失；后者26號外顯子無義突變，形成1109個氨基酸的截斷蛋白，使nephrin胞內區域的部分喪失。Holthofer等應用針對nephrin這一跨膜蛋白的胞外區和胞內區的特異抗體進行免疫組化和免疫電鏡研究，結果發現正常人腎組織中胞外區和胞內區免疫反應均為陽性，主要定位于足突間的裂孔隔膜，而28例CNF患者中，27例腎小球內nephrin胞外區和胞內區均不表達，可以看出CNF主要是由于NPHSI突變，導致其編碼蛋白nephrin改變，致足突間裂隙隔膜的濾過屏障減弱或喪失，發生了大量蛋白尿，再引起CNF一系列病理生理改變。近年還有報道另一種表達于腎小球上皮細胞的CD2AP蛋白對發病也可能起一定作用，CD2AP可將nephrin錨定于細胞骨架。