1.一般治療
及時診斷，及早應用適宜的抗菌藥物，為治療嚴重葡萄球菌感染獲得成功的主要關鍵。除抗菌藥物外，還應重視提高人體免疫功能，糾正水、電解質紊亂，搶救感染性休克和保護心、肺、腎、肝等重要臟器功能等綜合措施。腎上腺皮質激素是否采用，必須充分權衡其利弊后而決定，除非有嚴重毒血癥，并與有效抗菌藥物合用，一般以不用為妥。人血丙種球蛋白（丙種球蛋白）適用于低球蛋白血癥等抗體缺陷性疾病患者。
2.外科處理
膿液的充分引流，常是處理某些伴有膿腫的葡萄球菌感染的先決條件。癤、甲溝炎、瞼腺炎等表淺感染，在自行穿破或切開排膿后即迅速痊愈，一般無需抗菌藥物。皮下深部膿腫或骨髓炎有膿腫形成時則須切開引流，肺膿腫可采取體位引流，這些感染均須加用抗菌藥物治療。多房性肝膿腫主要依靠藥物治療，單房較大膿腫則在內科藥物治療效果不滿意時，考慮外科引流。人工心臟瓣膜或靜脈插管伴有葡萄球菌感染時，必須更換瓣膜或拔除插管，單用抗菌藥物常不能控制感染。急性金葡菌心內膜炎的內科治療療效不佳，反復出現栓塞或發生急性心力衰竭者均為手術指征。
3.抗菌治療
葡萄球菌感染患者有全身癥狀或局部病灶呈迅速發展的趨勢時，應立即采用積極的抗菌治療。