預后取決于出血嚴重性和是否進行替代治療，治療并發癥如肝炎或同種抗體存在影響患者的預后。一般而言，有替代治療保證的患者可達到正常人相同的壽命。
血友病乙與血友病甲一樣要面臨反復出血帶來各種并發癥。除關節變形外，慢性活動性肝炎，慢性遷延性肝炎，于1985年以前，在血友病患者中十分常見。另外，在美國約有50%的年齡較大的血友病乙患者HIV陽性，但是，在1985年以后開始接受治療的血友病乙患者可能具有與正常人相同的預期壽命。重型血友病乙患者可能在多次輸注后產生抑制物，從而使治療的難度大為加大。2%～6%重型血友病乙患者產生針對FⅨ的抗體，這些抗體多數屬于IgG4和kappa輕鏈亞型。產生抗體的患者多是由于突變造成循環中無FⅨ存在，但是，也有例外情況。