腦膿腫的發生率和死亡率仍較高，在抗生素應用前，死亡率高達60～80%，40～70年代由于抗生素應用和診治方法提高，死亡率降為25～40%。CT應用后，死亡率降低不顯著，仍為15～30%，這與本病（特別血源性）早期難被發現，當病人來診時，膿腫已屬晚期，一般手術死亡率與術前病人意識有關，清醒者為10～20%，昏迷者為60～80%。各種療法都有程度不等的后遺癥，如偏癱、癲癇、視野缺損、失語，精神意識改變，腦積水等。因此，腦膿腫的處理應防重于治，并重視早期診斷和治療。例如重視對中耳炎，肺部感染及其它原發病灶的根治，以期防患于未然。
影響療效和預后的因素有：
①診治是否及時，晚期病人常因腦干受壓或膿腫破潰而導致死亡；
②致病菌的毒力，特別是厭氧鏈球菌引起的腦膿腫發病率和死亡率均較高，可能與其破壞腦組織的毒力有關；
③心源性、肺源性和多發性腦膿腫預后差；
④嬰幼兒患者預后較成人差。