取潰瘍面壞死組織進行涂片檢查，如能找到真菌菌絲，或取壞死組織進行培養，而有真菌生長，是最可靠的診斷依據。采取標本方法是先滴表面麻醉劑，然后用尖頭小刀片在浸潤致密處刮取直徑0.5毫米潰瘍部壞死組織一小塊，作為標本。一般先做氫氮氧化鉀涂片檢查，如果尚有標本可取，可同時作真菌培養。有時，一次以兔過多損傷瞳孔區角膜，切勿在潰瘍深處采取標本，以防潰瘍穿孔。
刮取標本時，有時已能在真菌性與細菌性之間作出初步鑒別。一般說來，真菌性潰瘍面的壞死組織呈“苔垢”或“牙膏”樣，質地疏松，缺少粘性；而細菌性潰瘍面的壞死組織呈“膠凍”樣，富于粘性。
真菌涂片法
取潰瘍面壞死組織一小塊置于玻片上，滴5%氫氧化鉀溶液一小滴于其上，覆以蓋玻片，略加輕壓。用高倍顯微鏡檢查，即可檢得真菌菌絲。多者常滿布視野，但少量菌絲則需仔細檢查才能發現。涂片陽性，一般即可確定診斷。標本需當時檢查，不能保存。
真菌培養法
取壞死組織一小塊，置于固體土豆或沙氏培養基斜面上。如能同時接種在幾個培養基上，則有助于提高培養陽性率。放在攝氏37度溫箱內，每日觀察。接種次日起即有真菌生物可能。如果一周后尚未見生長，即為陽性。培養法可以觀察真菌菌落的形態、色澤，在顯微鏡下檢查菌絲、孢子等，以鑒別菌咱，保存菌種以及作藥物敏感度試驗。培養的陽性率一般涂片為低。