角膜滴狀變性病程分為3期，可達20年或更長的時間。
（1）角膜滴狀變性第1期[角膜滴狀贅疣又名“滴狀角膜”（cornea guttata）期]：此期患者無自覺癥狀。采用裂隙燈直接照明法檢查時，可見角膜中央部的后表面有多個細小的、向后突起的滴狀贅疣（guttata），略帶青銅色；用后照明法時，顯示在內皮表面，有散在的、圓形、折光性金色小凹；用與角膜相切的寬光帶照明法時，可見Descemet膜呈現金箔狀變厚，并具一些不規則的灰色混濁斑點于其上。采用內皮鏡檢查時，可見在內皮細胞正常鑲嵌形態下出現一些黑區。角膜滴狀贅疣的出現并不意味著它具有本病的診斷體征，因為多數情況下它并不發展成Fuchs角膜營養不良，而只是老年性角膜內皮細胞退變所產生的產物。角膜滴狀贅疣也可以是本病的早期表現。隨著病情的進展，滴狀贅疣的數量可逐漸加多，互相融合并向周邊部擴展，侵及全角膜的后面。內皮細胞生物泵的功能一旦喪失，則進入本病的第2期。
（2）角膜滴狀變性第2期（實質性與上皮性水腫期即原發性角膜失代償期）：此期患者視力下降，出現疼痛并進行性加劇。當角膜內皮細胞密度下降，角膜內皮生物泵功能失常后，裂隙燈下可見角膜水腫從Descemet膜前的實質層開始，Descemet膜出現皺褶，角膜厚度增加，實質層如毛玻璃樣輕度混濁。繼而角膜上皮呈微囊狀水腫，角膜表面不平。患者常在清晨時視力惡化，日間由于角膜前表面的水分被蒸發，上皮水腫有所好轉，視力因而改善。當眼壓增高時，上皮水腫加劇。角膜上皮與上皮下水腫可融合成水皰及大泡，大泡破損后眼部劇疼。
（3）角膜滴狀變性第3期（瘢痕形成期）：角膜長期水腫可導致角膜血管新生，而在上皮下彌漫地形成結締組織層。多次反復發作大泡破裂者，更易形成瘢痕。角膜瘢痕形成后知覺減退，上皮水腫減輕，疼痛有所緩解，但視力更趨下降。