角蛋白酶作用的底物除了角蛋白外，它還可水解多種蛋白質底物，包括可溶和不可溶的蛋白質。角蛋白酶可以降解如酪蛋白、明膠、牛血清白蛋白等可溶的蛋白質。也可以降解包括羽毛、羊毛、角質、人發、指甲等不可溶的蛋白質。個別角蛋白酶的底物范圍很窄，例如雞毛癬菌角蛋白酶只能降解鳥類羽毛，較難降解其它種類的角蛋白。
