為避免實驗室污染，食品、水、環境樣品與病人標本不能在同一實驗室檢測，必須分別在獨立的空間進行樣品處理和檢驗。
1. 核酸檢測和基因型鑒定
⑴Real-time RT-PCR
ORF1/ORF2區是諾如病毒基因組中最保守的區域，在同一基因型不同毒株間有相同的保守序列，根據這段保守區域可用于設計TaqMan為基礎的Real-time RT-PCR的引物和探針。除可檢測病例臨床標本中的諾如病毒RNA外，引物和探針經優化提高靈敏度后，還可用于環境樣本（如食物和水）的檢測。Real-time RT-PCR的敏感性高于傳統RT-PCR，可檢測諾如病毒GI群和GII群。 [4]
⑵傳統RT-PCR
采用傳統RT-PCR對Real-time RT-PCR陽性標本的PCR產物進行測序，通過序列分析確定諾如病毒的基因型。測定ORF2完整衣殼蛋白基因序列，是諾如病毒基因分型的金標準。基因組中四種不同的區域（Region A-D）均可用于諾如病毒基因分型，基于衣殼蛋白區Region C和D兩區域分型效果更好。但對于GII.4變異株的進一步分型，僅根據Region C序列不足以區別，需進一步擴增Region D。 [4]
2.抗原檢測
由于諾如病毒抗原高度變異（基因型超過29個）且某些基因型存在抗原漂移（如GII.4型），開發廣泛反應的ELISA方法存在較大挑戰。雖然目前已有商品化的試劑盒如IDEIA（Oxiod，英國）、SRSV(Ⅱ)-AD（Denka Seiken，日本）以及RIDASCREEN（r-Biopharm AG，德國），但其敏感性（36%-80%）和特異性（47%-100%）均不太理想。即使已通過美國FDA認證的RIDASCREEN諾如病毒第三代ELISA試劑盒，也沒有在美國廣泛應用。ELISA可適用于爆發疫情中大量樣本的篩查，但不適合散發病例的檢測。ELISA檢測結果陰性的樣本還需要通過Real-time RT-PCR進行第二次檢驗確認。鑒于ELISA試劑盒成本高、敏感性低，ELISA方法僅可作為輔助檢測手段 [4] 。