1.過敏反應和可能相關的反應
由于血管緊張素轉換酶抑制劑影響類花生酸和多肽（包括內源性緩激肽）的代謝，使用ACE抑制劑（包括鹽酸貝那普利）的病人可能發生多種不良反應，有的是嚴重不良反應。
2.血管性水腫
在使用ACE抑制劑的病人，已有臉部、手足、嘴、唇、舌、聲門和喉部血管性水腫的報道。在美國的臨床試驗中，接受安慰劑的受試者沒有一例出現血管性水腫，使用貝那普利的患者約有0.5%出現血管性水腫。喉部血管性水腫可能是致命的。如果發生喉部喘鳴或臉部、舌或聲門血管性水腫應馬上停藥，并立即開始治療。因為舌、聲門或喉部水腫可導致氣道阻塞，應馬上采取適當的治療，例如立即皮下注射1：1000的腎上腺素（0.3-0.5ml）。
3.脫敏期間的過敏反應
接受膜翅目昆蟲毒液脫敏治療的兩個病人，在同時使用ACE抑制劑時出現致命性的過敏反應。這些病人暫停使用ACE抑制劑可避免發生過敏反應，但再次給藥又可發生。
4.低血壓
鹽酸貝那普利可引起癥狀性低血壓。與其他ACE抑制劑相類似，無并發癥的高血壓病人服用貝那普利很少出現低血壓。癥狀性低血壓多發生于長期服用利尿劑引起血容量下降，鈉含量降低的病人，或鈉攝入量不足、透析、腹瀉、嘔吐的病人。在開始接受鹽酸貝那普利治療前應糾正血容量和/或鹽的不足。有或無腎功能不全的充血性心力衰竭的病人，使用ACE抑制劑可引起血壓過低、尿少、氮質血癥，罕見急性腎衰竭和死亡，此類病人應在嚴密監護下開始服用貝那普利。開始治療的頭兩周和增加貝那普利或利尿劑用量時，醫生應密切跟蹤注意。如果出現低血壓，病人應仰臥，必要時靜脈注射生理鹽水。待血壓和血容量恢復后通常可繼續使用鹽酸貝那普利治療。
5.中性白細胞減少癥/粒細胞缺乏癥
已證實，卡托普利可引起粒細胞缺乏癥和骨髓抑制，此種情況罕見于無并發癥的患者，但在腎功能損害特別是伴有膠原血管疾病如系統性紅斑狼瘡或硬皮病的病人比較常見。臨床上無足夠證據證明貝那普利不會以同樣的幾率引起粒細胞缺乏癥。患膠原血管疾病，特別是兼有腎功能損害的病人應密切監測白細胞計數。
6.肝衰竭
據報道，ACE抑制劑與一種綜合癥有關。該綜合癥首先出現膽汁郁積性黃疸，進行性發展至暴發性肝壞死，有時導致患者死亡。該綜合癥的發生機理尚不清楚。使用ACE抑制劑治療的病人，如出現黃疸或肝酶明顯升高，應停止使用ACE抑制劑并予以適當的治療隨訪。