1.病原體檢查
新鮮腹瀉便中可發現滋養體，糊狀便和成形便中多為包囊，糞便直接生理鹽水涂片即可找到滋養體；以碘液染色后可使包囊易于識別，硫酸鋅漂浮法等濃縮法可提高包囊檢出率，糞便檢查應三送三檢，三檢陽性率可提高到97%，十二指腸引流物，小腸黏液或活檢組織均可查到蟲體。
2.免疫學試驗
可分為檢測血清內抗體和糞抗原兩類。
（1）檢測抗體 自從藍氏賈第鞭毛蟲純培養成功后，由于高純度抗原制備已成可能，故大大提高了免疫診斷的靈敏性與特異性，我國已建立兩株藍氏賈第鞭毛蟲培養，為國內開展免疫診斷提供了條件，酶聯免疫吸附試驗（ELISA）和間接熒光抗體試驗（IFA）檢查患者血清抗體。
（2）檢測抗原 可用酶聯免疫試驗（雙夾心法），斑點酶聯免疫吸附試驗（Dot-ELISA），對流免疫電泳（CIE）等檢測糞稀釋液中的抗原，檢測糞抗原不但可用于診斷，也可以觀察療效。
3.分子生物學診斷
近年有用聚合酶鏈反應（PCR）檢測藍氏賈第鞭毛蟲核糖體RNA（rRNA）基因產物，可檢測出相當于一個滋養體基因組DNA量的擴增拷貝，也可用放射性標記的染色體DNA探針檢測滋養體和包囊，分子生物學方法具有高特異性靈敏性。
4.其他檢查
腹部B超了解肝、膽情況，尚應做X線胸片和心電圖檢查。