病情的緩解和復發是MS最重要的臨床特點。部分患者在首次發作后會有一完全的臨床緩解期。
少數患者表現為一系列的復發惡化，每一次復發都有完全緩解。這種復發惡化程度可很嚴重以至于引起四肢癱瘓和假性延髓性麻痹。首發癥狀出現和第一次復發的間期差別很大，據McAlpine報道30%為1年，20%在2年內，另有20%在5～9年內，還有10%在10～30年內復發。在如此長的潛伏期內，病理過程仍保留潛在活性。
隨時間延長，患者逐漸進入一個慢性、穩定或波動性神經功能衰退期。已明確影響病程的因素不多。與一般的觀念相反，妊娠對MS無惡性影響。實際上，妊娠可帶來意想不到的臨床穩定，甚至改善。這可能與MS是一種自身免疫性疾病有關。已確診的患者妊娠后平均復發率隨妊娠時間的延長而降低。然而，在產后的頭幾個月內惡化的危險性增加，較非妊娠期高兩倍。
軸周性硬化性腦炎的病程差別很大。少數患者在發病后數月或數年內死亡。但平均病程超過30年。