1.非特異性慢性盆腔炎多有分娩、流產、急性盆腔炎病史，月經量一般較多閉經極少見；生殖器結核多為不孕、月經量減少甚至閉經，盆腔檢查時可觸及結節。
2.慢性輸卵管炎臨床表現為月經異常、下腹隱痛、腰骶酸痛、不孕等，應與結核性輸卵管炎鑒別。慢性輸卵管炎多有分娩、流產后急性盆腔炎史、月經量較多，而表現為閉經者較為少見，沒有其他結核性輸卵管炎典型檢查所見，子宮內膜活檢無結核病灶。
3.子宮內膜異位癥有繼發性進行性痛經，經量較多。腹腔鏡檢查多能確診。
4.卵巢腫瘤附件包塊表面不平有結節感或乳頭狀突起，應與卵巢癌相鑒別。可經腹腔鏡檢查或剖腹探查確診。
5.輸卵管癌與輸卵管結核性腫塊在婦科檢查時很難區別若有陰道排黃色或血性液體且數量較多時，應考慮輸卵管癌。剖腹探查時將標本送病理檢查可明確診斷。
6.輸卵管妊娠臨床上表現為停經、腹痛等易與輸卵管結核相混淆。一旦輸卵管妊娠破裂或流產時，即有內出血癥狀。做血及尿妊娠試驗、B型超聲檢查、診斷性刮宮有助于明確診斷。