破壞DNA中可能存在的較難破壞的二級結構。使DNA充分變性,減少DNA復雜結構對擴增的影響,以利于引物更好的和模板結合,特別是對于基因組來源的DNA模板,最好不要吝嗇這個步驟。此外,在一些使用熱啟動Taq酶的反應中,還可激活Taq酶,從而使PCR反應得以順利進行。