透射電鏡常見的樣品臺有2種：
①頂入式樣品臺，要求樣品室空間大，一次可放入多個（常見為6個）樣品網，樣品網盛載杯呈環狀排列。使用時可以依靠機械手裝置進行依次交換。優點是每觀察完多個樣品后，才在更換樣品時破壞一次樣品室的真空，比較方便、省時間；但所需空間太大，致使樣品距下面物鏡的距離較遠，不適于縮短物鏡焦距，會影響電鏡分辨力的提高。
②側插式樣品臺，樣品臺制成桿狀，樣品網載放在前端，只能盛放1～2個銅網。樣品臺的體積小，所占空間也小，可以設置在物鏡內部的上半端，有利于電鏡分辨率的提高。缺點是一次不能同時放入多個樣品網，每次更換樣品必須破壞一次樣品室的真空，略嫌不便。
在性能較高的透射式電鏡中，大多采用上述側插式樣品臺，為的是最大限度地提高電鏡的分辨能力。高檔次的電鏡可以配備多種式樣的側插式樣品臺，某些樣品臺通過金屬聯接能對樣品網加熱或者致冷，以適應不同的用途。樣品是先盛載在銅網上，然后固定在樣品臺上的，樣品臺與樣品握持桿合為一體，是一個非常精巧的部件。樣品桿的中部有一個“O”形橡膠密封圈，膠圈表面涂有真空脂，以隔離樣品室與鏡體外部的真空（兩端的氣壓差極大，比值可達10～10）。
樣品室的上下電子束通道各設了一個真空閥，用以在更換樣品時切斷電子束通道 ，只破壞樣品室內的真空，而不影響整個鏡筒內的真空，這樣在更換樣品后樣品室重又抽回真空時，可節省許多時間。當樣品室的真空度與鏡筒內達到平衡時， 再重新開啟與鏡筒相通的真空閥。