酵母雙雜交系統是將待研究的兩種蛋白質分別克隆(融合)到酵母表達質粒的轉錄激活因子(如GAL4等)的DNA結合結構域(DNA-BD)和轉錄激活域(AD)上,構建成融合表達載體,從表達產物分析兩種蛋白質相互作用的系統。