重疊綜合征的預后均決定于其類型。Ⅰ型重疊綜合征5年生存率30%,較單一系統性紅斑狼瘡5年生存率(大于70%)明顯減低。其死亡原因主要為心血管并發癥及中樞神經系統損害,死于腎衰者較少。Ⅲ型重疊綜合征的預后決定于以哪一種結締組織病為主。Ⅱ型綜合征以MCTD為代表,預后較好。