金葡菌感染有發熱等全身癥狀，或病灶呈迅速發展趨勢的均應應用抗菌治療。
1.皮膚感染伴全身輕、中度癥狀者可用口服制劑，復方新諾明lg，日2次，或紅霉素0.5g，日4次。伴高熱及嚴重毒血癥癥狀者則用靜脈滴注，苯唑西林4～6g，1天分2次加人生理鹽水200ml內靜脈滴注。或用氯唑西林，每日4～6克，分2次靜脈滴注。
2.金葡菌食物中毒一般不用抗生素。
3.嚴重金葡菌感染如肺炎、敗血癥、心內膜炎及腦膜炎。(1)應靜脈應用較大劑量的抗菌劑，如β內酰胺類、氨基糖苷類和萬古霉素等。可選用下列一種抗生素：苯唑西林、氯唑西林、頭孢噻吩、頭孢唑啉等。每日4～6g，分2～3次加入生理鹽水200ml稀釋后靜脈滴注。或用萬古霉素，1日2g，稀釋后分2次靜脈滴注。萬古霉素可單獨應用，療程宜長，須3周以上。(2)應聯合用藥，一般二聯即可。可聯合應用氨基糖苷類如丁胺卡那，每日400～800mg，分2次靜脈滴注或肌肉注射。應用丁胺卡那須注意對腎的毒性，年齡大及腎功不良者慎用甚至禁用。辦可聯合應用氯林可霉素、林可霉素、利福平或磷霉素。
4.耐甲氧西林葡萄球菌(MRSA)感染(1)首選萬古霉素，對MRSA金葡菌及凝固酶陰性的葡萄球菌株均具強大的殺菌活性。成人每日2g，分2次加入100～200ml生理鹽水內靜脈滴注。副作用：耳毒性及輕微腎毒性。(2)亦可用氟喹諾酮類、氨基糖苷類及復方新諾明。利福平和褐霉素對MgsA亦有強的抗菌活性，但細菌易耐藥，故不能單獨使用，亦可選用亞胺培南和替考拉寧。