門靜脈高壓癥病因各異，發病原因未完全闡明，門靜脈血流受阻是其發病的根本原因，并非惟一原因。現引用Bass&Sombry分類法進行介紹。
1.原發性血流量增加型
（1）動脈-門靜脈瘺（包括肝內、脾內及其他內臟）。
（2）脾毛細血管瘤。
（3）門靜脈海綿狀血管瘤。
（4）非肝病性脾大（如真性紅細胞增多癥、白血病、淋巴瘤等）。
2.原發性血流阻力增加型
（1）肝前性
發病率<5%。①血栓形成
門靜脈血栓形成；脾靜脈血栓形成；門靜脈海綿樣變。②門靜脈或脾靜脈受外來腫瘤或假性胰腺囊腫壓迫或浸潤，或門靜脈癌栓。
（2）肝性
發病率占90%。①竇前性
早期血吸蟲病、先天性肝纖維化、特發性門靜脈高壓、早期原發性膽汁性肝硬化、膽管炎、肝豆狀核變性、砷中毒、硫唑嘌呤肝毒性、骨髓纖維化（早期）、結節病、骨髓增生性疾病等。②竇型/混合
肝炎肝硬化、酒精性肝硬化、脂肪肝、不完全間隔性纖維化、肝細胞結節再生性增生、維生素A中毒、氨甲喋呤中毒、晚期血吸蟲病及膽管炎等。③竇后性
肝靜脈血栓形成或栓塞，肝竇阻塞。
（3）肝后性
占1%。下腔靜脈閉塞性疾病、布加綜合征、縮窄性心包炎、慢性右心衰、三尖瓣功能不全（先天性、風濕性）、嚴重的充血性心力衰竭等。