（一）體格檢查
包括智力、身高、體質量、第二性征發育情況、有無發育畸形，有無甲狀腺腫大，有無乳房溢乳，皮膚色澤及毛發分布。對原發性閉經、性征幼稚者還應檢查嗅覺有無缺失。
（二）婦科檢查
內、外生殖器發育情況及有無畸形；已婚婦女可通過檢查陰道及宮頸黏液了解體內雌激素的水平。
（三）實驗室輔助性檢查
有性生活史的婦女出現閉經，必須首先排除妊娠。
1.評估雌激素水平以確定閉經程度
（1）孕激素試驗 孕激素撤退后有出血者，說明體內有一定水平的內源性雌激素影響；停藥后無撤退性出血者，則可能存在兩種情況：①內源性雌激素水平低下；②子宮病變所致閉經。
（2）雌-孕激素試驗 服用雌激素如戊酸雌二醇或17β-雌二醇或結合雌激素，20～30天后再加用孕激素，加用方法見表2；停藥后如有撤退性出血者可排除子宮性閉經；停藥后無撤退性出血者可確定子宮性閉經。但如病史及婦科檢查已明確為子宮性閉經及下生殖道發育異常性閉經，此步驟可省略。
2.激素水平測定
建議停用雌、孕激素類藥物至少兩周后行FSH、LH、PRL、促甲狀腺激素（TSH）等激素水平測定，以協助診斷。
（1）PRL及TSH的測定 血PRL>1.1nmol/L（25mg/L）診斷為高PRL血癥；PRL、TSH水平同時升高提示甲狀腺功能減退引起的閉經。
（2）FSH、LH的測定 FSH>40U/L（相隔1個月，兩次以上測定），提示卵巢功能衰竭；FSH>20U/L，提示卵巢功能減退；LH<5U/L或者正常范圍提示病變環節在下丘腦或者垂體。
（3）其他激素的測定 肥胖或臨床上存在多毛、痤瘡等高雄激素血癥體征時尚需測定胰島素、雄激素（睪酮、硫酸脫氫表雄酮）、孕酮和17羥孕酮，以確定是否存在胰島素抵抗、高雄激素血癥或先天性2l羥化酶缺陷等疾病。
3.染色體檢查
高Gn性閉經及性分化異常者應進行染色體檢查。
（四）其他輔助檢查
1.超聲檢查
盆腔內有無占位性病變、子宮大小、子宮內膜厚度、卵巢大小、卵泡數目及有無卵巢腫瘤。
2.基礎體溫測定
了解卵巢排卵功能。
3.宮腔鏡檢查
排除宮腔粘連等。
4.MRI或CT檢查
頭痛、溢乳或高PRL血癥患者應進行頭顱和（或）蝶鞍的磁共振（MRI）或CT檢查，以確定是否存在顱內腫瘤及空蝶鞍綜合征等；有明顯男性化體征者，還應進行卵巢和腎上腺超聲或MRI檢查，以排除腫瘤。