1.病原治療 陰溝腸桿菌既存在ESBLs問題又存在Amp c酶的問題故耐藥情況嚴重。陰溝腸桿菌對阿莫西林/克拉維酸鉀（奧格門汀）、頭孢呋辛的敏感率較低均在25%以下對氨曲南頭孢噻肟、環丙沙星他唑西林和阿米卡星的敏感率也不高，僅在35%～55%之間在治療陰溝腸桿菌感染時，應根據藥敏試驗和耐藥機制檢測報告選藥，避免濫用抗生素。如果陰溝腸桿菌產生ESBLs則首選碳青霉烯類抗生素如亞胺培南/西司他丁（泰能），復合制劑如頭孢哌酮/舒巴坦哌拉西林/三唑巴坦鈉等和頭霉素類抗生素也可選用但如需加用大劑量喹諾酮類抗生素應根據各地的藥敏情況來選擇；如果陰溝腸桿菌產生Amp C酶可選用碳青霉烯類抗生素如亞胺培南和第四代頭孢菌素如頭孢吡肟頭孢匹羅；如果陰溝腸桿菌同時產上述兩種酶，則應選用碳青霉烯類抗生素進行治療。第三代頭孢菌素不推薦使用于陰溝腸桿菌感染因為它極易篩選出高產Amp C酶的去阻遏突變菌落導致耐藥菌流行。
2.對癥治療 臥床休息，加強營養，補充適量維生素加強護理尤其是口腔的護理。維持水、電解質及酸堿平衡監測心、肺、腎功能等。必要時給予輸血、血漿、人血白蛋白（白蛋白）和人血丙種球蛋白（丙種球蛋白）鵻還需積極治療原發病。采取有效措施及時、正確治療嚴重創傷、燒傷等基礎疾病有助于保護和改善患者的機體免疫狀態；對于腫瘤或白血病患者在放療或化療的同時加強支持治療，適當應用免疫增強劑，有利于提高免疫功能，從而減少陰溝腸桿菌內源性感染的機會。高熱時可給予物理降溫煩躁者給予鎮靜劑等。中毒癥狀嚴重、出現感染性休克及DIC者在有效的抗菌藥物治療同時可給予短期(3～5天)腎上腺皮質激素治療。防治各種并發癥和合并癥。