本病應與下列疾病鑒別：
1.原發性肝癌
發熱、消瘦、右上腹痛、肝腫大等臨床表現酷似阿米巴肝膿腫，但后者常熱度較高，肝痛較著，癌腫肝臟的質地較堅硬，并有結節。甲胎蛋白的測定、B型超聲波檢查、腹部CT、放射性核素肝區掃描、選擇性肝動脈造影、磁共振等檢查可明顯診斷，肝穿刺及抗阿米巴藥物治療試驗有助于鑒別。
2.細菌性肝膿腫
常繼敗血癥或腹部化膿性疾患后發生，起病急，毒血癥狀顯著，如寒戰、高熱、休克、黃疸等。腫大不顯著，局部壓痛亦較輕，一般無局部隆起，膿腫以小型、多個為多。膿液少，黃白色，細菌培養可獲陽性結果，肝組織病理檢查可見化膿性病變。白細胞計數，特別是中性粒細胞顯著增多，細菌培養可獲陽性結果。抗生素治療有效，易復發。
3.血吸蟲病
在血吸蟲病流行區，易將肝阿米巴病誤診為急性血吸蟲病。兩者均有發熱、腹瀉、肝腫大等表現，但后者肝痛較輕，脾腫大較顯著，血象中嗜酸粒細胞顯著增多，乙狀結腸鏡檢查、蟲卵可溶性抗原檢測有助于鑒別。
4.膽囊炎
起病急，右上腹痛陣發性加劇，且常有反復發作史。黃疸多見且較深，肝腫大不顯著，膽囊區壓痛明顯，可作膽囊造影及十二指腸引流予以鑒別。
5.肝囊腫
通常鑒別上困難，但遇慢性阿米巴肝膿腫而不們臨床明顯炎癥表現者，或肝囊腫伴感染者亦需細心鑒別。超聲顯像與穿刺所得膿液的特征有助鑒別。