腸阿米巴病多發于盲腸或闌尾，易累及乙狀結腸和升結腸，偶及回腸。典型的病損是口小基底大的燒瓶樣潰瘍，一般僅累及粘膜層，潰瘍間的粘膜正常或稍有充血水腫，除重癥外原發病灶僅局限于粘膜層。鏡下可見組織壞死伴少量的炎癥細胞，以淋巴細胞和漿細胞浸潤為主，由于滋養體可溶解中性粒細胞，故中性粒細胞極少見。急性病例滋養體可突破粘膜肌層，引起液化壞死灶，形成潰瘍可深及肌層，并可與鄰近的潰瘍融合，引起大片粘膜脫落。阿米巴腫是結腸粘膜對阿米巴刺激的增生反應，主要是組織肉芽腫伴慢性炎癥和纖維化，雖僅1~5%病人伴有阿米巴腫，但需重視與其他的腫瘤進行鑒別診斷。
腸外阿米巴病往往呈無菌性，液化性壞死，周圍浸潤以淋巴細胞為主，幾乎極少伴有中性粒細胞。滋養體多在膿腫的邊緣。以肝膿腫最常見，早期病變以滋養體侵入肝內小血管引起栓塞開始，繼而出現急性炎癥反應，以后病灶擴大，中央液化，淋巴細胞浸潤，最終纖維化。膿腫大小不一，有的似小兒頭顱大小，膿液則由壞死變性的肝細胞、紅細胞、膽汁、脂肪滴、組織殘渣組成。