這是近十年來發展很快而且十分有效、敏感、特異的方法。主要提取膿液穿刺液或糞便培養物、活檢的腸組織、皮膚潰瘍分泌物、膿血便甚至成形便的DNA，而后以適當的引物，進行擴增反應。對反應產物進行電泳分析，可以區別溶組織內阿米巴和其他阿米巴原蟲。引物種類很多，各有所長，但原則上是選擇具有高豐度的基因，可以有良好的敏感性。世界上公認具有良好特異性和敏感性的引物是根據溶組織內阿米巴編碼29kDa/30kDa多半胱氨酸抗原的基因設計的。
有許多實驗室應用血清學和DNA分析或檢測糞中抗原，進行阿米巴病流行病學調查。