1.一般治療
（1）積極治療原發病，去除病因。
（2）嚴格掌握抗生素、糖皮質激素和免疫抑制劑的用藥指征。
（3）加強護理和支持療法。
2.抗真菌治療
可選用氟康唑、伊曲康唑、氟胞嘧啶、兩性霉素B及其脂質體等。對于嚴重患者，予靜脈應用兩性霉素B后口服氟康唑的標準治療方法。在無艾滋病的輕癥患者，氟康唑口服，連用8～10周可能有效。在其他抗真菌藥效果不佳時，伏立康唑有一定的治療效果。卡泊芬凈對本病作用有限。對皮膚黏膜隱球菌病出全身用藥外，還應輔以局部處理。
（1）兩性霉素B 兩性霉素B為多烯類抗生素，與真菌胞膜上的固醇類結合，改變膜的通透性，使菌體破壞，起殺菌作用。是目前治療隱球菌病、組織胞漿菌病和全身念珠菌病的首選藥物，對曲霉素菌病效果較差。
1）給藥途徑 ①靜脈滴注 開始宜用小量，如無不良反應，漸增劑量，療程1～3個月。靜注時用5%葡萄糖液稀釋，濃度不超過0.05～0.1mg/ml，緩慢靜脈滴注，每劑不少于6小時滴完。濃度過高易引起靜脈炎，滴速過快可發生抽搐，心律失常、血壓驟降，甚至心跳停搏。②椎管內注射或腦室內注射 限于治療隱球菌性膜的病情嚴重或靜脈滴注失敗的病例。如有副作用可減量或暫停用藥，腦脊液內藥物過多可引起蛛網膜炎而腦脊液細胞增多，暫時性神經根炎、感覺消失、尿潴留、甚至癱瘓、抽搐，如及早停用，大多能緩解。
2）副作用 惡心、嘔吐、腹痛、發熱、寒戰、頭痛、頭暈、貧血、血小板減少，血栓性靜脈炎等，對腎、造血系統有一定毒性。為減輕副作用，可于治療前半小時及治療后3小時給阿司匹林，嚴重者可用靜脈滴注氫化可地松或地塞米松。用藥期間，應每隔3～7天檢查血、尿常規及肝、腎功能，血清肌酐＞2.5mg/dl時用藥應減量，尿素氮＞40mg/dl應停藥，停藥2～5周恢復正常，再從小劑量開始給藥，注射部位易發生血栓性靜脈炎，最初輸液部位宜先從四肢遠端小靜脈開始。
（2）5-氟胞嘧啶 5-氟胞嘧啶是一種口服的系統性抗真菌藥物，對隱球菌和白色念珠菌有抑制作用。可與兩性霉素B合用，治療全身性隱球菌病。嬰兒劑量酌減。口服吸收良好，血清濃度高，腦脊液濃度可達血清的64%～88%，容易產生耐藥性，副作用有惡心、嘔吐、皮疹、中性粒細胞核血小板減少，肝腎損害，與兩性霉素B合用時可減少耐藥性，藥量可稍減，毒性反應可減輕，可縮短療程。
（3）氟康唑 雙三唑類抗真菌藥，作用機理和抗菌譜與酮康唑相似，體內抗真菌活性比酮康唑強，生物利用度高，口服吸收好，對念珠菌、隱球菌等有抑制作用，副作用有胃腸反應，皮疹、偶致肝功能異常。
（4）隱球菌莢膜的單克隆抗體治療 使用隱球菌莢膜的單克隆抗體治療隱球菌病已經取得了一定的進展。鼠來源的莢膜特異性單克隆抗體治療20例隱球菌病的一期臨床研究在國外已經完成，其臨床療效仍需進一步研究。Thl型細胞因子IFN一γ也被用于中樞神經系統隱球菌病的治療，目前仍需通過大規模臨床實驗驗證其療效。