（一） 腦脊液常規
中樞神經系統隱球菌病腦脊液壓力增高，一般為1.96～4.9 kPa以上。外觀正常或微混，亦可為乳白、淡黃或紅色。白細胞數增多，大都在3×108/L以內，少數達2×109/L以上，早期以中性粒細胞為主，中后期以淋巴細胞為主，可達88%～90%。糖和氯化物在早期變化不明顯，中后期可明顯減少，特別是糖含量可顯著降低，甚至為零。蛋白含量在病程中后期增高。
（二） 實驗室檢查
血細胞計數輕度或中度增高，大部分病例在（1～2）×1010/L之間，少數可達2×1010/L以上。部分患者血沉可加快。中后期可出現血紅蛋白及紅細胞數減少。
（三） 抗原檢查
膠乳凝集試驗檢測腦脊液新生隱球菌莢膜多糖抗原，是一種簡便、快速、有效診斷隱球菌性腦膜炎的實驗室方法。它以膠乳顆粒為載體，表面聯接有抗新生隱球菌抗體，形成致敏膠乳懸液，當與患者腦脊液標本作用時，如標本中含有一定量的隱球菌莢膜多糖抗原，則可產生肉眼可見的凝集反應顆粒。
（四） 抗體檢測
檢測腦脊液抗新生隱球菌抗體有助于診斷或病情變化判斷，抗體滴度升高表明病情好轉。檢測方法有凝集反應，間接螢光試驗，補體結合試驗，間接血凝試驗以及酶免疫方法，但陽性率不高。