于特發性脊柱側凸占側凸癥的絕大多數，如能了解其病因，則對防治有重要的意義。因此多年來，人們一直致力于特發性脊柱側凸病因的探索，但至今仍未查到其確切的原因。
1979年Herman證明特發性脊柱側凸患者有迷路功能損傷。1984年Yamada也對特發性脊柱側凸患者進行平衡功能測試，結果有79%顯示有明顯的平衡功能障礙，而對照組只有5%。Wyatt也發現側凸患者有明顯震動不平衡，提出側凸患者的后柱通路中有中樞性紊亂。但這些研究沒有闡明特發性側凸與平衡障礙的關系，更未說明特發性脊柱側凸病因本身。
觀察發現特發性脊柱側凸患者的身高比正常同齡者為高。1984年的普查也是如此結果。因此促使人們去了解生長激素與特發性脊柱側凸的關系。結果不同的作者結論不一，生長激素含量仍是一爭論的問題。更多的文獻論述了椎旁肌與特發性側凸的關系，對椎旁肌的檢測包括：肌梭、肌纖維形態、肌生物化學、肌電、鈣、銅、鋅的含量等。雖有異常發現，但均未直接闡明其病因。人們也從家族性調查，孿生側凸患者的調查有關遺傳基因問題，但更多的患者尚不能用單一的遺傳基因異常來解釋，因此，特發性脊柱側凸的病因仍是人們今后努力探索的重要課題。
特發性脊柱側凸發病機理不明，研究發現，其可能與以下因素相關：
（一）遺傳因素 ：特發性脊柱側凸的流行病研究表明，其發生存在著明顯遺傳因素的影響，其具體遺傳模式尚不明了， 多數學者認為與常染色體主導和不完全的性連鎖以及多樣性表達等有關。這似乎可以解釋疾病分布的性別特征，在 20 o 左右的脊柱側凸患者中，男女比例基本相當；然而，大于 20 o 的脊柱側凸人群中，女：男超過 5 ： 1 ，需要治療的嚴重彎曲的患者多為女孩。據統計，父母雙親均有側凸的子女患病可能性是正常人的 50 倍。
（二）激素影響： 特發性脊柱側凸女孩的身高常比同齡正常女孩高， 這一現象提示脊柱側凸可能與生長激素有關 ， 但大量的研究 認為生長激素并不是脊柱畸形的真正病因。由于生長需要包括生長因素在內的多種因素相互作用，因而生長的控制非常復雜。
（三）結締組織發育異常 ：特發性脊柱側凸的患者可以發現結締組織中有膠原和蛋白多糖的質與量的異常。這究竟是側凸的原發因素還是繼發因素，尚未有定論。
（四）神經－平衡系統功能障礙 ：人體平衡系統的功能是控制作用于人體上的各種重力和維持在各種不同狀態下的平衡，在這個平衡系統反射弧中的某個反射環節上出現功能障礙，脊柱就有可能發生側凸來調整或建立新的平衡。
（五）神經內分泌系統異常 ： 許多學者研究表明褪黑素及 5－羥色胺在is形成過程中起重要作用。雞摘除松果體后出現的脊柱側凸模型是研究脊柱側凸的經典動物模型之一，松果體的主要作用是分泌褪黑素（melatonin），因而有學者推測血清褪黑素（melatonin）的降低可能是發生脊柱側凸的重要始動因素，并與脊柱側凸的進展相關 。
（六）其它 ：一些臨床觀察發現，高齡母親的后代易患特發性脊柱側凸，且進展較快。另外銅代謝異常在特發性脊柱側凸的發生中也可能起著某種作用。
脊柱側凸病因不同，病理變化相似，根據病理變化特點分為可逆性與不可逆性。可逆性一般發生于功能性（代償性）即姿勢性脊柱側凸，常見于胸段或胸腰段，多數凸向右側，凸向左側者較少，以單側凸為主，站立或行走明顯，平臥或懸吊時消失，X線檢查顯示一個側凸弧，骨質結構無改變。不可逆性側凸，一般指結構性脊柱側凸。可逆性脊柱側凸如延誤治療，長期脊柱一側軟組織攣縮，亦可導致脊柱結構性改變（如椎體楔形變，胸廓畸形等）。結構性脊柱側凸畸形較固定，不為體位改變而消失或增加，常合并胸廓畸形，脊柱側凸胸前壁凹陷，后壁隆起；凹側胸前壁凸起，后壁下陷，肺功能異常。X線正位片顯示三個側凸，亦稱S狀畸形，中間側凸為原發，上、下側凸為代償。脊柱側凸同時合并脊柱旋轉畸形，脊柱側凸合并肋骨向后突出形成邊嵴，稱剃刀背畸形。