非淋菌性尿道炎雖然癥狀較淋病輕，但危害并不比淋病輕。由于癥狀較輕，很多患者失去了治療的最佳時期，從而使治療非常困難，本病尤其在女性中癥狀極其輕微，而女性感染者由于癥狀輕微往往不予治療，增加了本病傳播的機會。
本病除引起尿道炎外，在女性約一半以上的患者有合并癥，如子宮內膜炎、輸卵管炎、宮外孕、不育癥和流產。起病初有尿痛、尿道不適、尿道發癢、燒灼感或刺疼、尿道紅腫、尿道分泌物、稀薄等。隨著病情的發展，上述癥狀將逐漸加重。處理不當或治療不及時輕則病情反復，引起早泄、急性附睪炎、前列腺炎等疾病，重則直接導致男性不育。