1、顱底陷入癥的顱骨平片檢查：
利用顱骨平片診斷顱底凹陷需要進行各種測量，由于枕骨大孔區局部正常解剖變異較大，盡管測量方法較多，但還沒有一種理想的方法對診斷本病十分可靠，因此，至少需要根據以下方法2種明顯異常的測量結果才能做出診斷。
2、顱底陷入癥的CT掃描：
主要是顯示腦組織及腦室的改變，有時可行腦室造影CT掃描，在腦室內注入非離子水溶性造影劑后行CT掃描，可觀察到腦室大小，中腦水管是否通暢及第四腦室及腦干的改變，并可勾畫出小腦扁桃體下緣的位置。
3、顱底陷入癥的MRI檢查：
MRI是診斷本病最好的檢查手段之一，尤其在矢狀位可清楚的顯示中腦水管，第四腦室及腦干的改變，小腦扁桃體下疝的程度及頸髓受壓的情況，便于決定手術治療方案。