1.全身性治療 積極處理潛在的病因，可能時停用類固醇、抗生素及免疫抑制藥物。努力糾正營養，重要的是扭轉全身免疫功能不全。最常用的藥物有制霉菌素、兩性霉素B。也可單獨或聯合應用咪唑類抗真菌的衍生物如克霉唑、益康唑、咪康唑及酮康唑。
2.手術治療 念珠性食管炎造成的食管狹窄的處理與其他良性狹窄造成者相同。標準治療方法是擴張,偶有狹窄嚴重者，須用胃或結腸行分流術。
